研究生工作部成立于2003年10月，1997年3月成立研究生部，挂靠在校科研处。2003年12月成立学院党总支，2015年10月设立研究生学院党委。2017年10月，学校党委设研究生工作部，与研究生学院合署办公，研究生学院党委改为直属党支部。2025年1月，学校党委设立研究生工作部（学位办公室）负责学校研究生教育和学校学位相关事宜，组织实施校党委有关决策部署，指导各研究生培养单位的研究生教育管理工作。研究生学院直属党支部改为研究生工作部党支部。

我校研究生管理实行以“培养单位为主体”的管理模式，注重发挥“校-院-学科（导师）”三级管理的作用。目前，研究生工作部（学位办公室）设有招生办公室、培养办公室、学位办公室、研究生思想政治教育办公室、研究生管理办公室5个科室，学院现有职工15人。

学校1956年经卫生部、教育部批准开始招收研究生。1990年经国务院学位委员会批准为博士学位授权单位，成为第一个具有博士学位授予权的省属高校。1996年经国务院学位委员会批准获准开展在职人员申请硕士学位工作。1998年经教育部批准，可以招生港澳台研究生。现有临床医学、药学、基础医学、公共卫生与预防医学4个博士学位授权一级学科，45个博士学位授权二级学科；有13个硕士学位授权一级学科，79个硕士学位授权二级学科；拥有2个博士专业学位类别，9个硕士专业学位类别。建有药学、临床医学、公共卫生与预防医学、基础医学4个博士后科研流动站。药学、公共卫生与预防医学、临床医学、生物学、基础医学等5个学科获批安徽省高等学校高峰学科。护理学、生物医学工程、心理与脑科学获批安徽省高峰培育学科立项建设。临床医学、药理学与毒理学、分子生物学与遗传学、生物与生物化学、免疫学、神经科学与行为学、环境科学与生态学、社会科学总论、精神病学与心理学、材料科学、化学、微生物学12个学科进入ESI全球排名前1%。截至2025年2月，在校统招博士生813人、统招硕士生7677人。共有博士生导师455人、硕士生导师2585人。参与研究生招生、培养的二级培养单位达41个，其中直属培养单位16个、非直属培养单位25个。（2025年2月）